La historia del convento empieza en 1570 con la devoción de un comerciante arruinado, Ildefonso Álvarez, a su última posesión un retablo de la virgen de la Magdalena, este anteriormente rico comerciante se refugió en las cuevas de la zona y vivió en el lugar como un ermitaño.
El eremita luchó para pagar sus deudas y finalmente atrajo la atención de la comunidad cristiana que lo ayudó, para que en 1585, empezase la construcción de una pequeña capilla en la zona, (algo alejada del núcleo de Antequera). Mientra La peste deseminaba la zona en 1648, se hizó muy famolso el milagroso de curación del padre Cárdenas, un párroco de Sevilla que había peregrinado a la pequeña iglesia.
Esta fama y la entrada de abundantes limosnas, sembró la corrupción entre los ermitaños. En 1685, los ermitaños fueron expulsados por orden del obispado de Málaga. En 1691, con la ordenación de la iglesia comenzó la construcción del nuevo convento.
El convento fue abandonado a mediados del siglo XIX. Pero en 2009, se le realizó una cuidada restauración y a día de hoy es un hotel de 5* en que quedan muchos de los elementos originales del convento de los franciscanos.
Elementos a destacar: el claustro, que se basa en los restos del original, los frescos de las paredes basados en los antiguos escritos del convento y la bóveda de la antigua capilla del convento.